Validation And Release Checklist

このチェックリストは、現状の残り5%をrepo内で詰めるための運用メモです。

対象は CLI/config-driven synthetic PK fixture harness です。Generated data are not for clinical inference, dose selection, or regulatory model qualification.

1. README-only user test

第三者にREADMEだけを見て実行してもらう場合、次を記録します。 記録用テンプレートは USER_TEST_REPORT_TEMPLATE.md です。 未完了項目の追跡は READINESS_GAPS.md に集約します。

Item Expected evidence
Setup Python version, OS, shell, install command
Preflight python -m tools.pk_fixture_cli doctor output
Core run python -m tools.pk_fixture_cli run harness_examples/demo_set.yml
Harness check make harness-check or .\scripts\harness-check.ps1 -SkipExternalProbe
Output review summary.md, MANIFEST.yml, ADPC.csv, NCA_INPUT.csv, POPPK_INPUT.csv
Confusion points README line or command that caused hesitation

Passの目安は、ユーザーが質問なしでdemo setを作成し、fixture用途と臨床推論不可の境界を説明できることです。

2. External Phoenix / NONMEM / nlmixr2 validation

外部ツール本体やライセンスはrepoに同梱しません。施設環境で external_validation/tool_profiles.yml を編集し、EXTERNAL_TOOL_VALIDATION.yml を証跡として残します。 詳細手順は EXTERNAL_TOOL_VALIDATION_GUIDE.md です。 Windowsのprofile記入例は external_validation/tool_profiles.windows.example.yml です。

Tool What to confirm Notes
Phoenix adapter CSVの取り込み、NCA project templateへの列対応 GUI操作は施設SOP側で管理
NONMEM nmfe75 などの実command名、control stream、.lst 生成 Windowsではpathやlicense server設定を明示
nlmixr2 package import、parser/estimation scriptの実行 R package compileが必要な場合はRtoolsが関係

Probeのみ:

python tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_probe/minimal_aciclovir

実行あり:

python tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_probe/minimal_aciclovir \
  --tools nonmem,nlmixr2 \
  --execute

3. Site-specific dataset mapping

施設ごとのADaM/NCA/PopPK dataset仕様は external_validation/site_adapter_template.yml をコピーして管理します。 見直し手順は SITE_ADAPTER_GUIDE.md にまとめています。

確認すること:

  • source dataset: ADPC.csv, NCA_INPUT.csv, POPPK_INPUT.csv
  • required columns: site側で必須非欠損にする列
  • constants: study-specific fixed values
  • rename: site-specific column names
  • output evidence: SITE_ADAPTER_MANIFEST.yml

このadapterはsubmission-ready ADaMや正式Phoenix/NONMEM datasetを保証するものではありません。施設仕様への最後の列調整をrepo内で見える化する層です。

4. Windows / PowerShell / Rtools

Windowsでは make 前提にせず、PowerShell scriptを使います。

.\scripts\harness-check.ps1 -SkipExternalProbe
.\scripts\acceptance-check.ps1 -SkipExternalProbe

R, Quarto, simPopは任意機能です。simPopや一部R packageの導入時にC/C++/Fortran compileが必要な場合はRtoolsが必要になることがあります。

Windowsで最初に保証したいのは、RtoolsなしでもPython CLIとCSV fixture生成が動くことです。

5. Public release / tag

public GitHub repoで共有する場合は、release tagの前に次を確認します。 release noteのひな形は RELEASE_NOTES_TEMPLATE.md です。

  1. make harness-check on macOS/Linux
  2. .\scripts\harness-check.ps1 -SkipExternalProbe on Windows PowerShell
  3. GitHub Actions green on Ubuntu and Windows smoke
  4. README-only user test result
  5. Known limitations are unchanged and visible
  6. CITATION.cff, LICENSE, CONTRIBUTING.md, SECURITY.md, and CODE_OF_CONDUCT.md are current

tag例:

git tag -a vX.Y.Z -m "Release vX.Y.Z PK fixture harness"
git push origin vX.Y.Z

release noteには「workflow fixture用であり、clinical inferenceやdose selectionには使わない」ことを明記します。