README-only Acceptance Test

この文書は、第三者がREADMEだけを起点にして、このハーネスを安全に動かせるかを確認するための受け入れテストです。

目的は、Phoenix / NONMEM / nlmixr2 本体の正式validationではなく、同じrepo内で synthetic PK fixture workflow が再現でき、施設依存の差分を設定として確認できること を示すことです。

1. Fresh Setup

python3 -m pip install -r requirements.txt
make validate

期待結果:

validate_library.py が通る
codex_harness_check.py が通る
必須ファイル、薬剤library、example、docsが見つかる

2. Full Repository Check

make acceptance-check

Windows PowerShellでは make の代わりに WINDOWS_POWERSHELL.md の手順を使います。

.\scripts\acceptance-check.ps1 -SkipExternalProbe

このtargetは次を実行します。

Step	Purpose
`make harness-check`	library整合性、pytest、index再現性、example再生成、下流smoke、site adapter smokeを確認
`make doctor`	Python/R/Quarto/simPopなどのローカル環境を確認
`python3 -m tools.pk_fixture_cli doctor --json`	standalone CLI入口がpreflightへ正しくdispatchできることを確認

doctor では任意依存の不足が WARN になることがあります。QuartoやsimPopがない場合でも、CLI本体とCSV fixture生成が通ればハーネスの中核は利用できます。

editable install後は次の形でも同じ入口を使えます。

python -m tools.pk_fixture_cli doctor
python -m tools.pk_fixture_cli run harness_examples/demo_set.yml

3. Downstream Tool Boundary

外部ツール本体がある施設では、次のprofileを施設環境に合わせて編集します。

external_validation/tool_profiles.yml

確認コマンド:

python3 tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_probe/minimal_aciclovir

実行環境がある場合だけ --execute を付けます。

python3 tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_probe/minimal_aciclovir \
  --tools nonmem,nlmixr2 \
  --execute

解釈:

Result	Meaning
`OK`	profileのコマンド確認、または任意実行が通った
`WARN`	toolが見つからない、任意profileが未設定、または実行結果に確認事項がある
`FAILED`	required profileや実行に必要なartifactが壊れている

Phoenix / NONMEM / nlmixr2 のライセンス、インストール、実project/control streamはこのrepoに同梱しません。

4. Site-specific Dataset Mapping

施設ごとの列名や必須列は、次のtemplateをコピーして調整します。

external_validation/site_adapter_template.yml

確認コマンド:

python3 tools/make_site_adapters.py \
  --analysis-dir examples/minimal_aciclovir/workflow/analysis_inputs \
  --spec-yml external_validation/site_adapter_template.yml \
  --out-dir outputs/site_adapter_check/minimal_aciclovir

出力:

outputs/site_adapter_check/minimal_aciclovir/
  site_nca_example.csv
  site_poppk_example.csv
  SITE_ADAPTER_MANIFEST.yml

このadapterは、施設ごとのNCA/PopPK dataset仕様に合わせるためのCSV変換層です。submission-ready ADaM、正式Phoenix dataset、正式NONMEM datasetを保証するものではありません。

5. Pass Criteria

受け入れOKと考えてよい状態:

make acceptance-check が通る
python3 -m tools.pk_fixture_cli --help で主要commandが表示される
external_validation/tool_profiles.yml に、施設で使う外部コマンド名と実行方針が書ける
external_validation/site_adapter_template.yml をコピーして、施設の列名・必須列に合わせたCSVを作れる
SITE_ADAPTER_MANIFEST.yml, DOWNSTREAM_SMOKE_MANIFEST.yml, EXTERNAL_TOOL_VALIDATION.yml で OK/WARN/FAILED の理由を確認できる

まだ施設側validationとして残るもの:

実Phoenix projectでの取り込み確認
実NONMEM環境での nmfe75 などのコマンド名、control stream、.lst 出力確認
実nlmixr2 package環境でのparser/estimation確認
施設ごとのADaM/NCA/PopPK dataset仕様への最終調整
READMEだけで第三者が実行したときの観察メモ

これらはこのrepo内で設定・記録できますが、外部ソフトウェア本体や施設SOPの代替にはしません。運用チェックリストは VALIDATION_AND_RELEASE_CHECKLIST.md にまとめています。