Downstream E2E Smoke Checks

この文書は、analysis_inputs/ から NCA / PopPK 側へ最低限つながるかを確認するための smoke check を説明します。

これは Phoenix, NONMEM, nlmixr2 の正式検証ではありません。目的は、fixture CSVが下流parser、簡易NCA計算、PopPK control/template作成まで破綻しないことを早く確認することです。

Command

python3 tools/run_downstream_smoke.py \
  --analysis-dir outputs/<run>/workflow/analysis_inputs \
  --out-dir outputs/<run>/workflow/downstream_smoke

make harness-check では、versioned examplesに対してこのsmoke checkと外部validation profileのprobeを実行します。

make downstream-check
make external-validation-probe

What It Does

flowchart LR
    A["analysis_inputs/ADPC.csv"] --> B["make_downstream_adapters.py"]
    A --> C["simple NCA smoke"]
    D["analysis_inputs/POPPK_INPUT.csv"] --> B
    D --> E["PopPK parser smoke"]
    B --> F["validate_downstream_adapters.py"]
    C --> G["NCA_SUMMARY.csv"]
    E --> H["NONMEM / nlmixr2 parser templates"]
    F --> I["DOWNSTREAM_SMOKE_MANIFEST.yml"]
    G --> I
    H --> I

Outputs

Output	Meaning
`adapters/`	R NCA / Phoenix-like / NONMEM-like / nlmixr2-like adapter CSVs
`nca_smoke/NCA_SUMMARY.csv`	simple linear-trapezoidal `CMAX`, `TMAX_H`, `AUCLAST` summary
`poppk_smoke/POPPK_PARSE_SUMMARY.yml`	dose/observation row counts and parser readiness checks
`poppk_smoke/nonmem_parser_template.ctl`	NONMEM parser smoke control template
`poppk_smoke/nlmixr2_parser_template.R`	nlmixr2 parser smoke model template
`DOWNSTREAM_SMOKE_MANIFEST.yml`	status, counts, warnings, limitations

Interpretation

Status	Meaning
`OK`	Adapter CSVs have expected columns and simple NCA/PopPK parser smoke checks pass
`WARN`	Outputs were generated but some rows or summaries need review
`FAILED`	Adapter contract or required parser-ready structure is broken

Boundary

This check improves workflow confidence, but it does not replace:

Phoenix project validation
NONMEM execution
nlmixr2 estimation
model-specific dataset requirements
clinical pharmacology validation

For formal tool use, treat the generated files as starting fixtures and add tool/project-specific control files, metadata, and validation outside this harness.

POPPK_INPUT.csv の CMT は parser smoke fixture 用の convention です。既定は投与行 1、観測行 2 ですが、実NONMEM/nlmixr2モデルに合わせる場合は make_analysis_inputs.py または run_workflow.py で --dose-cmt と --observation-cmt を指定してください。

Site-specific Adapter Layer

施設ごとの列名、固定値、必須列を合わせたい場合は、標準adapterの後ではなく analysis_inputs/ から直接 site-specific CSV を作ります。

python3 tools/make_site_adapters.py \
  --analysis-dir outputs/<run>/workflow/analysis_inputs \
  --spec-yml external_validation/site_adapter_template.yml \
  --out-dir outputs/<run>/workflow/site_adapters

external_validation/site_adapter_template.yml をコピーして、施設のNCA/PopPK dataset仕様に合わせます。

adapters:
  site_nca:
    source: ADPC
    output: site_nca.csv
    columns:
      - name: SUBJECT
        source: USUBJID
      - name: TIME
        source: TIME_H
      - name: CONC
        source: AVAL
    required_nonblank: [SUBJECT, TIME, CONC]

出力:

site_nca.csv
site_poppk.csv
SITE_ADAPTER_MANIFEST.yml

このlayerは施設別mappingをrepo内でレビュー可能にするためのものです。submission-ready ADaM、正式Phoenix dataset、正式NONMEM datasetを保証しません。

Optional External Tool Validation In This Repo

Phoenix / NONMEM / nlmixr2 の実行環境がある場合は、同じリポジトリ内の optional validation layer から呼べます。

python3 tools/run_external_tool_validation.py \
  --profile-yml external_validation/tool_profiles.yml \
  --downstream-dir outputs/<run>/workflow/downstream_smoke \
  --out-dir outputs/<run>/workflow/external_tool_validation \
  --tools nonmem,nlmixr2 \
  --execute

--execute を付けない場合は、実行せずにコマンド存在確認だけ行います。

python3 tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/<run>/workflow/downstream_smoke \
  --out-dir outputs/<run>/workflow/external_tool_validation

既定profileは external_validation/tool_profiles.yml です。

Profile	Default behavior
`phoenix`	placeholder。各施設のPhoenix automation commandに置き換えて使う
`nonmem`	`nmfe75` と生成済み `nonmem_parser_template.ctl` を使う想定
`nlmixr2`	`Rscript` から `nlmixr2` packageと生成済みtemplateを読む

出力:

EXTERNAL_TOOL_VALIDATION.yml
<tool>/stdout.log
<tool>/stderr.log

このlayerは同じrepoにありますが、外部ツール本体やライセンスは同梱しません。CIや通常の make harness-check では外部ツール実行を必須にしません。