External Tool Validation Guide

この文書は、Phoenix / NONMEM / nlmixr2 の実環境確認をrepo内の証跡として残すための手順です。

外部ツール本体、license、施設SOPはこのrepoに含めません。ここで確認するのは、fixture harnessが作ったCSVやtemplateを外部環境へ渡せるかです。

Profiles

既定profile:

external_validation/tool_profiles.yml

Windows用の記入例:

external_validation/tool_profiles.windows.example.yml

施設環境ではexampleをコピーし、実際のpath、command、success_artifactsに合わせて編集してください。

Probe

--execute なしでは、commandが存在するかを確認し、EXTERNAL_TOOL_VALIDATION.yml を作ります。

python tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_probe/minimal_aciclovir \
  --profile-yml external_validation/tool_profiles.yml

SKIPPED is not automatically a harness failure. SKIPPEDは、profileはあるが実行ファイルが見つからないという意味です。

Execute

施設で実行許可された環境だけで --execute を使います。

python tools/run_external_tool_validation.py \
  --downstream-dir outputs/downstream_smoke_check/minimal_aciclovir \
  --out-dir outputs/external_validation_execute/minimal_aciclovir \
  --profile-yml external_validation/tool_profiles.yml \
  --tools nonmem,nlmixr2 \
  --execute

Tool-specific notes

Tool	What to configure	Evidence
Phoenix	automation command, project/template, NCA CSV input	log, imported dataset, optional project output
NONMEM	`nmfe75` path/version, control stream, working directory	`.lst` in success_artifacts
nlmixr2	Rscript path, package library, parser or estimation script	stdout/stderr log, optional R output

success_artifacts は実行成功とみなすファイルです。NONMEMなら .lst、施設のPhoenix automationならproject outputやimport logなどを指定します。

Manifest interpretation

EXTERNAL_TOOL_VALIDATION.yml の見方:

Status	Meaning
`OK`	probeまたはexecuteが通った
`WARN`	optional profileで実行結果に確認事項がある
`SKIPPED`	optional profileの実行ファイルが見つからない
`FAILED`	required profile、実行失敗、またはsuccess_artifacts不足

この結果は外部ツール取り込み確認の証跡であり、clinical inferenceやdose selectionの妥当化ではありません。